MIKROBIOLOGI

A. BAKTERI

Perkataan ‘bakteri’ berasal dari bahasa Yunani ‘bacterion’ yg berarti batang kecil. Bakteri adalah sebagian dari organisme bersel satu yang tubhnya bersifat prokariotik, artinya tubuhnya terdiri atas sel yang tidak mempunyai selaput pembungkus bahan inti sel(nucleus). Walaupun tubuh bakteri hanya terdiri dari satu sel, namun dia telah memiliki beberapa organel sel yang dapat untuk melaksanakan beberapa fungsi hidup tertentu.

1. Ciri-Ciri Bakteri
Bakteri memiliki ciri-ciri yang membedakannnya dengan mahluk hidup lain yaitu :
1. Organisme multiselluler.
2. Prokariot ( tidak memiliki membran inti sel ).
3. Umumnya tidak memiliki klorofil.
4. Memiliki ukuran tubuh yang bervariasi antara 0,12 s/d ratusan mikron, umumnya memiliki ukuran rata-rata 1 s/d 5 mikron.
5. Memiliki bentuk tubuh yang beraneka ragam.
6. Hidup bebas atau parasit.
7. Yang hidup di lingkungan ekstrim seperti pada mata air panas, kawah, atau gambut, diding selnya tidak mengandung peptidoglikan.
8. Yang hidupnya kosmopolit di berbagai lingkungan, dinding selnya mengandung peptidoglikan.

2. Bentuk Bakteri
a. Bakteri Bentuk Bola (coccus)
Kokus (Coccus) dalah bakteri yang berbentuk bulat seperti bola, dan mempunyai beberapa variasi sebagai berikut:
o Mikrococcus, jika bentuknya bulat kecil dan tunggal ( Contoh : Monococcus gonorhoe ).
o Diplococcus, jika bentuknya bulat bergandengan dua-dua ( Contoh : Diplococcus pneumonia ).
o Tetracoccus, jika bergandengan empat dan membentuk bujur sangkar.
o Sarcina, jika bergerombol membentuk kubus (Contoh : Sarcina sp).
o Staphylococcus, jika bergerombol/berkoloni seprti kelompok buah anggur ( Contoh : Staphylococcus aureus ).
o Streptococcus, jika bergandengan membentuk rantai ( Contoh : Streptococcus salivarius, Streptococcus lactis, dan Streptococcus pneumoniae ).

b. Bakteri Bentuk Batang
Basil (Bacillus) adalah kelompok bakteri yang berbentuk batang atau silinder, dan mempunyai variasi sebagai berikut:

o Basil Tunggal ; berupa batang tunggal ( Contoh : Escherichia coli dan Salmonella typhi ).
o Diplobasil ; berbentuk batang bergandengan dua-dua.
o Sterptobasil ; berupa batang bergandengan seperti rantai ( Contoh : Streptobacillus moniliformis dan Azotobacter sp ).

c. Bakteri Bentuk Spiral
Spiril (Spirilum) adalah bakteri yang berbentuk lengkung dan mempunyai variasi sebagai berikut:

o Koma (vibrio) ; berbentuk lengkung kurang dari setengah lingkaran ( Contoh : Vibrio coma, penyebab penyakit kolera ).
o Spiral ; berupa lengkung lebih dari setengah lingkaran ( Contohnya : Spirillum minor yang menyebabkan demam dengan perantara gigitan tikus atau hewan pengerat lainnya ).
o Spiroseta ; berupa spiral yang halus dan lentur ( Contoh : Treponema pallidum, penyebab penyakit sifilis ).

3. Struktur Tubuh Bakteri

1. Dinding sel tersusun dari peptidoglikan yaitu gabungan protein dan polisakarida (ketebalan peptidoglikan membagi bakteri menjadi bakteri gram positif bila peptidoglikannya tebal dan bakteri gram negatif bila peptidoglikannya tipis).
2. Membran plasma adalah membran yang menyelubungi sitoplasma tersusun atas lapisan fosfolipid dan protein.
3. Sitoplasma adalah cairan sel.
4. Ribosom adalah organel yang tersebar dalam sitoplasma, tersusun atas protein dan RNA.
5. Granula penyimpanan, karena bakteri menyimpan cadangan makanan yang dibutuhkan.
 Selain bagian-bagian pokok sel bakteri juga terdapat tambahan seperti :
1. Kapsul atau lapisan lendir adalah lapisan di luar dinding sel pada jenis bakteri tertentu, bila lapisannya tebal disebut kapsul dan bila lapisannya tipis disebut lapisan lendir. Kapsul dan lapisan lendir tersusun atas polisakarida dan air.
2. Flagell atau bulu cambuk adalah struktur berbentuk batang atau spiral yang menonjol dari dinding sel.
Bakteria umumnya dapat bergerak dengan bantuan alat gerak yang ada pada tubuhnya menuju tempat-tempat yang menguntungkan dan menghindari tempat-tempat yang merugikan. Jenis-jenis / macam-macam alat gerak pada organisme bakteri :
a. Atrik : Bakteri yang tidak mempunyai flagell / alat gerak.
b. Monotrik : Bakteri yang mempunyai satu flagell / alat gerak pada salah satu ujung tubuhnya.
c. Lofotrik : Bakteri yang memilki sejumlah flagell / alat gerak pada satu ujung tubuh bakteri.
d. Amfitrik : Bakteri yang mempunyai sejumlah flagell / alat gerak pada kedua ujungnya.
e. Peritrik : Bakteri yang mempunyai flagell / alat gerak pada seluruh permukaan tubuhnya.
3. Pilus dan fimbria adalah struktur berbentuk seperti rambut halus yang menonjol dari dinding sel, pilus mirip dengan flagelum tetapi lebih pendek, kaku dan berdiameter lebih kecil dan tersusun dari protein dan hanya terdapat pada bakteri gram negatif. Fimbria adalah struktur sejenis pilus tetapi lebih pendek daripada pilus.
4. Klorosom adalah struktur yang berada tepat dibawah membran plasma dan mengandung pigmen klorofil dan pigmen lainnya untuk proses fotosintesis. Klorosom hanya terdapat pada bakteri yang melakukan fotosintesis.
5. Vakuola gas terdapat pada bakteri yang hidup di air dan berfotosintesis.
6. Endospora adalah bentuk istirahat (laten) dari beberapa jenis bakteri gram positif dan terbentuk didalam sel bakteri jika kondisi tidak menguntungkan bagi kehidupan bakteri. Endospora mengandung sedikit sitoplasma, materi genetik, dan ribosom. Dinding endospora yang tebal tersusun atas protein dan menyebabkan endospora tahan terhadap kekeringan, radiasi cahaya, suhu tinggi dan zat kimia. Jika kondisi lingkungan menguntungkan endospora akan tumbuh menjadi sel bakteri baru.
4. Reproduksi Bakteri
a. Reproduksi Aseksual
Bakteri melakukan pembelahan biner. Pembelahan biner adalah pembelahan langsung, tanpa melalui tahapan seperti mitosis. Dari satu sel terbentuk dua, empat, delapan, enam belas, dan seterusnya. Untunglah, pembelahan bakteri ada factor pembatasnya, misalnya kekurangan makanan, suhu tidak sesuai, hasil ekskresi yang meracuni bakteri, dan adanya organisme lain yang memangsa bakteri. Jika tidak, bumi akan dipenuhi bakteri.
b. Reproduksi Seksual
Reproduksi bakteri secara seksual yaitu dengan pertukaran materi genetik dengan bakteri lainnya. Pertukaran materi genetik disebut rekombinasi genetik atau rekombinasi DNA.
Rekombinasi genetik dapat dilakukan dengan tiga cara yaitu:
1. Transformasi adalah pemindahan sedikit materi genetik, bahkan satu gen saja dari satu sel bakteri ke sel bakteri yang lainnya.

2. Transduksi adalah pemindahan materi genetik satu sel bakteri ke sel bakteri lainnnya dengan perantaraan organisme yang lain yaitu bakteriofage (virus bakteri).

3. Konjugasi adalah pemindahan materi genetik berupa plasmid secara langsung melalui kontak sel dengan membentuk struktur seperti jembatan diantara dua sel bakteri yang berdekatan. Umumnya terjadi pada bakteri gram negatif.

5. Jenis-Jenis Bakteri
a. Bakteri Heterotrof
Bakteri kelompok ini tidak berklorofil dan memperoleh makanan berupa zat oragnik dari lingkungannya karena tidak dapat menyusun sendiri zat organic yang dibutuhkannya. Bakteri heterotrof dapat dibedakan sebagai berikut.
1) Bakteri Parasit
Bakteri parasit mendapatkan zat makanan dari organisme lain yang ditumpanginya ( inang ). Contoh : famili Spirochaetaceae (parasit dalam usus moluska bercangkang dua ), famili Treponemataceae ( parasit pada vertebrata dan manusia ), contoh lain : Borrelia novyi, Borrelia burgdorfer,dan Borrelia reccurentis hidup pada hewan dan manusia.
2) Bakteri Saprofit ( Saprobakter )
Bakteri saprofit adalah bakteri yang kebutuhan makannya diperoleh dari sisa-sisa organisme yang telah mati. Contoh bakteri saprofit adalah sebagai berikut.
a) Escherechia coli,
b) Methanobacterium omelianski dan Methanobacterium ruminatum,
c) Thiobacillus denitrificans,
d) Clostridium sporageus,
e) Desulfovibrio desulfuricans
3) Bakteri Patogen
Bakteri patogen adalah bakteri parasit yang menimbulkan penyakit pada hospes atau inang yang dihinggapi, contohnya sebagai berikut.
a. Bakteri penyebab penyakit pada manusia:
No.
Nama bakteri
Penyakit yang ditimbulkan
1. Salmonella typhosa
Tifus
2. Shigella dysenteriae
Disentri basiler
3. Vibrio comma
Kolera
4. Haemophilus influenza
Influensa
5. Diplococcus pneumoniae
Pneumonia (radang paru-paru)
6. Mycobacterium tuberculosis
TBC paru-paru
7. Clostridium tetani
Tetanus
8. Neiseria meningitis
Meningitis (radang selaput otak)
9. Neiseria gonorrhoeae
Gonorrhaeae (kencing nanah)
10. Treponema pallidum
Sifilis atau Lues atau raja singa

11.
Mycobacterium leprae
Lepra (kusta)

12.
Treponema pertenue
Puru atau patek

Bakteri penyebab penyakit pada hewan:
No.
Nama bakteri
Penyakit yang ditimbulkan

1.
Brucella abortus
Brucellosis pada sapi

2.Streptococcus agalactia
Mastitis pada sapi (radang payudara)

3.Bacillus anthracis
Antraks

4. Actinomyces bovis
Bengkak rahang pada sapi

5.   Cytophaga columnaris Penyakit pada ikan

b. Bakteri penyebab penyakit pada tumbuhan:
No. Nama bakteri Penyakit yang ditimbulkan
1. Xanthomonas oryzae Menyerang pucuk batang padi
2.  Xanthomonas campestris Menyerang tanaman kubis
3.  Pseudomonas solanacaerum Penyakit layu pada famili terung-terungan
4.  Erwinia amylovora

Penyakit bonyok pada buah-buahan

4) Bakteri Apatogen
Bakteri apatogen adalah bakteri yang tidak menimbulkan penyakit pada hospes, contoh : Escherichia coli dan Sterptomyces griseus.

b. Bakteri Autotrof
a) Fotoautotrof
Pada kelompok fotoautotrof, energi yang digunakan untuk mnyusun bahan organic dari bahan anorganik adalah dari cahaya ( foto ).Golongan bakteri fotoautotrof dibagi atas bakteri hijau dan bakteri ungu. Bakteri hijau memiliki pigmen hijau yang disebut bakterioviridin dan bakterioklorofil. Sedangkan bakteri ungu memilki pigmen ungu, merah, atau kuning. Pigmen ini disebut bakteriopurpurin.

b) Kemoautotrof
Bakteri ini memperoleh energi dari bahan kimia untuk menyusun bahan organic dari bahan anorganik. Contoh : Nitrosomonas, Nitrosocystis, Nitrospira, dan Nitrosococcus.

6. Peranan Bakteri dalam Kehidupan Manusia
a. Bakteri yang Menguntungkan
1) Escherichia coli membusukkan makanan di dalam usus besar dan menghasilkan vitamin K.
2) Rizhobium bersimbiosis dengan kacang-kacangan dan dapat menambat nitrogen bebas dari udara. Bakteri ini dapat menyuburkan tanah.
3) Azotobacter hidup bebas di tanah dan dapat menambat nitrogen dari udara. Bakteri ini juga dapat menyuburkan tanah.
4) Lactobacillus casei digunakan dalam proses pembuatan keju.
5) Acetobacter xylinum digunakan dalam proses pembuatan nata de coco yang terbuat dari air kelapa.
6) Acetobacter digunakan untuk mengubah alkohol menjadi asam cuka.
Air tapai dapat diubah menjadi asam cuka dengan bakteri ini. Air tapai yang mengandung gula oleh khamir diubah menjadi alkohol dan alkohol diubah oleh acetobacter menjadi asam cuka.
7) Streptococcus griceus dapat menghasilkan antibiotik streptomisin.
8) Lactobacillus bulgaricus digunakan dalam proses pembuatan susu asam ( yoghurt ).
9) Pseudomonas denitrificans dapat menghasilkan vitamin B12.
10) Streptococcus lactis digunakan daalm pembuatan mentega.

b. Bakteri yang Merugikan
1). Bakteri perusak makanan
Beberapa spesies pengurai tumbuh di dalam makanan. Mereka mengubah makanan dan mengeluarkan hasil metabolisme yang berupa toksin (racun). Racun tersebut berbahaya bagi kesehatan manusia. Contohnya:
• Clostridium botulinum, menghasilkan racun botulinin, seringkali terdapat pada makanan kalengan
• Pseudomonas cocovenenans, menghasilkan asam bongkrek, terdapat pada tempe bongkrek
• Leuconostoc mesenteroides, penyebab pelendiran makanan
2). Bakteri denitrifikasi
Jika oksigen dalam tanah kurang maka akan berlangsung denitrifikasi, yaitu nitrat direduksi sehingga terbentuk nitrit dan akhirnya menjadi amoniak yang tidak dapat dimanfaatkan oleh tumbuhan. Contoh bakteri yang menyebabkan denitrifikasi adalah Micrococcus denitrificans dan Pseudomonas denitrificans.
B. VIRUS
Menurut ahli biologi, virus merupakan organism peralihan antara makhluk hidup dan benda mati. Dikatakan peralihan karena virus mempunyai sebagian cirri-ciri makhluk hidup, misalnya dapat berkembang biak tetapi juga memilki cirri benda mati, yaitu dapat dikristalkan. Di laboratorium, virus dapat dibiakkan dalam telur ayam yang berisi embrio.

1. CIRI-CIRI VIRUS
a. Virus hanya dapat berkembang biak di sel-sel hidup lain ( sifat virus parasit obligat ) karenanya, virus dapat dikembangbiakkan pada telur ayam yang berisi embrio hidup.
b. Untuk bereproduksi virus hanya memerlukan asam nukleat saja.
c. Virus tidak dapat bergerak maupun melakukan aktivitas metabolisme sendiri.
d. Virus tidak dapat membelah diri.
e. Virus tidak dapat diendapkan dengan sentrifugasi biasa, tetapi dapat dikristalkan.

2. STRUKTUR VIRUS
a. Virus bersifat aseluler ( tidak mempunyai sel ).
b. Virus berukuran amat kecil, jauh lebih kecil dripada bakteri, yakni berkisar antara 20 mμ – 300 mμ ( 1 mikron = 1.000 milimikron ). Untuk mengamatinya diperlukan mikroskop elektron yang pembesarannya dapat mencapai 50.000 kali.
c. Virus hanya memiliki salah satu macam asam nukleat ( RNA atau DNA ).
d. Virus umumnya berupa semacam hablur ( kristal ) dan bentuknya sangat bervariasi. Ada yang berbentuk oval, memanjang, silindris, kotak, dan kebanyakan berbentuk seperti kecebong dengan “kepala” oval dan “ekor” silindris.
e. Tubuh virus terdiri atas : kepala, kulit ( selubung atau kapsid ), isi tubuh, dan serabut ekor.

1). Kepala
Kepala virus berisi DNA dan bagian luarnya berisi kapsid.

2). Kapsid
Bahan genetik virus diselubungi oleh suatu lapisan pelindung. Protein yang menjadi lapisan pelindung tersebut disebut kapsid. Bergantung pada tipe virusnya, kapsid bisa berbentuk bulat (sferik), heliks, polihedral, atau bentuk yang lebih kompleks dan terdiri atas protein yang disandikan oleh genom virus. Kapsid terbentuk dari banyak subunit protein yang disebut kapsomer
– Virus yang berbentuk helik ( helical virus ); bentuknya menyerupai batang yang panjang, agak kaku dn lentur ( fleksibel ). Kapsid terlihat sebagi tabung silinder yang pendek berbentuk seperti helik yang mengelilingi asam nukleat virus. Contoh : TMV ( Virus pada tanaman tembakau ).
– Virus polihedral; berbentuk seprti polihedron sehingga memebri kesan seperti bentuk kristal. Contoh : Adenovirus dan virus polio.
– Virus kompleks; beberapa virus, terutama virus bakteria mempunyai struktur yang amat kompleks ( rumit ) sehingga dinamakan virus kompleks. Contoh : Virus cacar ( poxvirus ).
3). Isi tubuh
Isi tubuh yang sering disebut virion adalah bahan genetik yakni asam nukleat ( DNA atau RNA ), contohnya sebagai berikut,
a. Virus yang isi tubuhnya RNA dan bentuknya menyerupai kubus antara lain, virus polyomyelitis, virus radang mulut dan kuku, dan virus influenza.
b. Virus yang isi tubuhnya RNA, protein, lipida, dan polisakarida, contohnya paramixovirus.
c. Virus yang isi tubuhnya terdiri atas RNA, protein, dan banyak lipida, contohnya virus cacar.
4). Ekor
Ekor virus merupakan alat penancap ke tubuh organisme yang diserangnya. Ekor virusterdiri atas tabung bersumbat yang dilengkapi benang / serabut.

Pada virus dijumpai asam nukleat yang diselubungi kapsid, disebut nukleokapsid. Ada dua macam nukleokapsid, yaitu :
a). Nukleokapsid yng telanjang, misalnya TMV, Adenovirus, dan virus kutil ( Warzer virus ).
b). Nukleokapsid yang diselubungi suatu membran pembungkus, misalnya pada virus influenza dan virus herpes.

3. REPRODUKSI VIRUS
Reproduksi virus sering disebut replikasi. Proses replikasi virus yang telah berhasil diamati adalah replikasi virus bakteri atau bakteriofag yang berarti virus yang “memakan bakteri”. Virus ini menyebabkan lisis atau terurainya tubuh bakteri. Virus ini menyerang bakteri usus Escherechia coli.
Proses replikasi virus, sejak penempelan pada dinding sel inang hingga terbentuknya virus baru, disebut siklus linis. Siklus linis mengalami 5 ( lima ) tahapan, yakni :
a. Adsorbsi, ialah penempelan virus pada dinding sel inangnya. Virus menempelkan sisi tempel atau reseptor site ke dinding sel bakteri.
b. Penetrasi sel inang. Setelah reseptor site atau sisi tempel itu melekat pada dinding sel, bagian ini kemudian membentuk enzim untuk membuka dinding sel bakteri. Molekul asam nukleat ( RNA dan DNA )virus bergerak keluar melalui pipa ekor dan masuk ke sitoplasma sel melalui dinding sel yang telah terbuka.
c. Eklipase. Asam nukleat virus menggunakan asam nukleat bakteri untuk membentuk bagian-bagian tubuh virus, seprti protein, asam nukleat dan kapsidnya. Bahan yang digunakan berasal dari protein, enzim dan sam inti ( nukleat ) sel bakteri.
d. Pembentukan virus ( bakteriofage ) baru. Setelah bagian-bagian tubuh virus terbentuk, maka pada fase ini, bagian-bagian itu akan digabung-gabungkan menjadi virus baru. Dari satu sel bkteri akan dihasilkan 100 -300 virus baru.
e. Pemecahan sel inang. Akhir dari siklus linis adalah pecahnya sel bakteri. Di dalam sel bakteri terbentuk enzim lisoenzim yang mampu melarutkan ikatan kimia dinding sel bakteri. Setelah dinding sel pecah, keluarlah virus baru itu, dan selanjutnya mencari sel bakteri lainnya.

4. KLASIFIKASI VIRUS
 Virus dapat diklasifikasi menurut kandungan jenis asam nukleatnya.
a. Pada virus RNA, dapat berunting tunggal (umpamanya pikornavirus yang menyebabkan polio dan influenza) atau berunting ganda (misalnya revirus penyebab diare);
Virus RNA terdiri atas tiga jenis utama: 1). Virus RNA berunting positif (+), yang genomnya bertindak sebagai mRNA dalam sel inang dan bertindak sebagai cetakan untuk intermediat RNA unting minus (-); 2). virus RNA berunting negatif (-) yang tidak dapat secara langsung bertindak sebagai mRNA, tetapi sebagai cetakan untuk sintesis mRNA melalui virion transkriptase; dan 3). retrovirus, yang berunting + dan dapat bertindak sebagai mRNA, tetapi pada waktu infeksi segera bertindak sebagai cetakan sintesis DNA berunting ganda (segera berintegrasi ke dalam kromosom inang ) melalui suatu transkriptase balik yang terkandung atau tersandi.
b. Pada virus DNA (misalnya berunting tunggal oada fase φ × 174 dan parvorirus berunting ganda pada adenovirus, herpesvirus dan pokvirus).
 Klasifikasi virus berdasrkan tipe asam nukleatnya dapt dilihat pada tabel berikut.
No. Tipe Virus Contoh Penyakit
1. DNA rantai ganda
• Sapovirus – Papiloma (Kutil dan kanker serviks)
– Poliloma ( tumor pada hewan )
• Adenovirus – Penyakit saluran pernapasan

• Herpesvirus – Herpes simpleks 1 = pilek
– – Herpes simpleks 2 = herpes alat kelamin
– Herpes zoster = cacar air
• Poksivirus Cacar ir, cacar sapi
2. DNA rantai tunggal ( parvovirus ) Tergantung keberadaan adenovirus; berasosiasi dengan infeksi adenovirus
3. DNA rantai ganda ( rotavirus ) Diare yang diakibatkan virus
4. RNA tunggal ( mRNA ) Picornavirus Virus polio = polio
Rhinovirus = demam, pilek
5. RNA tunggal (cetakan untuk mRNA)
1. Rhabdovirus Rabies
2. Paramyxovirus Campak, gondong
3. Orthomiksovirus Influenza
6. RNA rantai tunggal sebagi cetakan untuk sintesis DNA ( Retrovirus ) Virus tumor RNA ( Leukimia )
Virus HIV = AIDS

5. PERANAN VIRUS DALAM KEHIDUPAN MANUSIA
 Peranan Virus yang Menguntungkan
a. Membuat antitoksin
b. Melemahkan bakteri
c. Memproduksi vaksin
 Peranan Virus yang Merugikan
1. Penyakit pada tumbuhan yang disebabkan oleh virus
1. Mosaik, disebabkan oleh Tobacco Mozaic Virus ( TMV ).
2. Yellows, penyakit yang menyerang tumbuhan aster.
3. Daun menggulung, terjadi pada tembakau, kapas, dan lobak yang diserang virus TMV.

2. Penyakit pada manusia yang disebabkan oleh virus
1. Influenza, disebabkan oleh virus orthomyxovirus.
2. Campak atau Morbili, disebabkan oleh virus paramyxovirus.
3. Cacar air, disebabkan oleh virus Herpesvirus vericellae.
4. Hepatitis, disebabkan oleh virus hepatitis, yaitu hepatitis A, hepatitis B, dan C ( non-A, non-B ).
5. Polio, disebabkan oleh poliovirus.
6. Gondong, disebabkan oleh paramyxovirus.
7. AIDS ( Acquired Immune Deficiency Syndrome ), adalah penurunan sistem kekebalan tubuh yang disebabkan oleh virus HIV ( Human Immunodeficiency virus ).
8. Ebola, disebabkan oleh virus ebola.
9. Herpes simpleks, disebabkan oleh virus anggota suku Herpetoviridae.
10. Papilloma, disebabkan oleh salah satu virus yang diduga dapat menyebabkan tumor di kulit, alat kelamin, tenggorokan, dan saluran utama pernapasan. Infeksi terjadi melalui kontak langsung dan hubungan seksual dengan penderita.
11. SARS ( Severe Acute Respiratory Syndrome ), diduga disebabkan oleh virus Corona mamalia ( golongan musang, rakun ) yang mudah sekali bermutasi setiap terjadi replikasi.
– Rabies ( anjing gila ), disebabkan oleh virus rabies.
12. Demam berdarah, disebabkan oleh virus dengue, yang termasuk genus Flavivirus.

3. Penyakit pada hewan yang disebabkan oleh virus
1. Polyoma, penyebab tumor pada hewan.
2. Adenovirus, penyebab tumor paad hewan tertentu.
3. Rhabdovirus, penyebab rabies.
4. Retrovirus, contohnya HIV.

C. JAMUR
Jamur merupakan kelompok organisme eukariotik yang membentuk dunia jamur atau regnum fungi. Jamur pada umumnya multiseluler (bersel banyak). Jamur sering kita jumpai pada musim hujan, Hal ini karena jamur hanya mampu hidup pada waktu dan kondisi yang mendukung, selain itu lama hidup jamur juga terbatas. Dwidjoseputro menyebutkan “ jamur merupakan evolusi dari bakteri, hal ini karena jamur tidak memiliki klorofil sehingga bersifat heterotrof ”.

1. CIRI-CIRI JAMUR
Berikut adalah ciri-ciri jamur yang dapat membedakan jamur dengan organisme lain:
1. Tubuh jamur tersusun dari komponen dasar yang disebut hifa. Hifa berupa benang tunggal yang bercabang atau berupa kumpulan benang yang padat menjadi satu disebut miselium.
2. Jamur tidak memiliki klorofil sehingga bersifat heterotrof, namun berbeda dengan organisme lainnya, jamur tidak memangsa dan mencernakan makanan. Untuk memperoleh makanan, jamur menyerap zat organik dari lingkungan melalui hifa dan miseliumnya, kemudian menyimpannya dalam bentuk glikogen.
3. Jamur bersifat saprofit yaitu melapukkan dan mengubah susunan zat organik yang sudah mati, dan menyerap makanan dari organism yang sudah mati tersebut.
4. Tubuh buahnya merupakan talus, sedangkan tumbuhan bagian-bagiannya telah memiliki akar, batang, dan daun yang sebenarnya.
5. Jamur hanya hidup pada lingkungan dan kondisi tertentu, selain itu lama hidup juga terbatas. Misalnya jamur hanya hidup pada musim hujan.

2. STRUKTUR JAMUR

Struktur tubuh jamur tergantung pada jenisnya. Ada jamur yang satu sel, misalnya khamir, ada pula jamur yang multiseluler membentuk tubuh buah besar yang ukurannya mencapai satu meter, contohnya : jamur kayu.
Tubuh jamur tersusun dari komponen dasar yang disebut hifa. Hifa membentuk jaringan yang disebut miselium. Miselium menyusuun jalinan-jalinn semu menjadi tubuh buah. Hifa adalah struktur menyerupai benang yang tersusun dari dinding berbentuk pipa. Dinding ini menyelubungi membran plasma dan sitoplasma hifa. Sitoplasma mengandung organel eukariotik. Kebanyakan hifa dibatasi oleh dinding melintang atau septa.
Mesiliumnya bercabang banyak dan hifanya tidak bersekat-sekat ( bersifat senositik ). Septa ditemukan hanya pada saat sel reproduksi terbentuk. Mesilium pada Rizhopus mempunyai tiga tipe hifa, yaitu :
1. Stolon; hifa yang membentuk jaringan pada permukaan substrat ( misalnya roti ).
2. Rizhoid; hifa yang menembus substrat dan berfungsi sebagai jangkar untuk menyerap makanan.
3. Sporangiofor; hifa yang tumbuh tegak pada permukaan substrat dan memilki sporangia globuler ( berbentuk bulat ) di ujungnya.

3. REPRODUKSI JAMUR
1. Reproduksi jamur uniseluler :
1. Aseksual : Membentuk tunas, membentuk spora
2. Seksual : Membentuk spora askus
Spora askus atau askospora adalah spora yamg dihasilkan melalui perkawinan jamur Ascomycota. Askospora terdapat di dalam askus, biasanya berjumlah 8 spora.
2. Reproduksi jamur multiseluler :
1. Aseksual : Fragmentasi, zoospora, konidia.
Fragmentasi adalah berkembang biak secara aseksual dengan jalan memutuskan benang hifa.
Zoozspora atau spora kembara adalah spora yang dapat bergerak di dalam air dengan menggunakan flagella.
Konidia adalah spora yang dihasilkan dengan jalan membentuk sekat melintang pada ujung hifa atau dengan diferensiasi sehingga terbentuk banyak konidia.
2. Seksual : inti jantan dan betina bertemu, akhirnya membentuk spora sakus atau spora basidium.

4. JENIS-JENIS JAMUR
1. MYXOMYCOTINA (Jamur lendir)
• Myxomycotina merupakan jamur yang paling sederhana.
• Mempunyai 2 fase hidup, yaitu fase vegetative dan fase tubuh buah
• Reproduksi : secara vegetatif dengan spora, yaitu sporakembara yang disebut myxoflagelata.
Contoh spesies : Physarum polycephalum.

2. OOMYCOTINA
• Tubuhnya terdiri atas benang/hifa tidak bersekat, bercabang-cabang dan mengandung banyak inti.
• Reproduksi:
– Vegetatif : yang hidup di air dengan zoospora yang hidup di darat dengan sporangium dan konidia.
– Generatif : bersatunya gamet jantan dan betina membentuk oospora yang selanjutnya tumbuh menjadi individu baru.
Contoh spesies:
a. Saprolegnia sp. : hidup saprofit pada bangkai ikan, serangga
darat maupun serangga air.
b. Phytophora infestans: penyebab penyakit busuk pada kentang.

3. ZYGOMYCOTINA
• Tubuh multiseluler, hifa tidak bersekat.
• Habitat umumnya di darat sebagai saprofit.
• Reproduksi:
– Vegetatif: dengan spora.
– Generatif: dengan konyugasi hifa (+) dengan hlifa (-) akan menghasilkan zigospora yang nantinya akan tumbuh menjadiindividu baru.
Contoh spesies: Rhizopus oligosporus : jamur tempe

4. ASCOMYCOTINA
• Tubuh ada yang uniseluler dan ada yang multi seluler.
• Ascomycotina, multiseluler, hifanya bersekat dan berinti banyak.
• Hidupnya: ada yang parasit, saprofit, ada yang bersimbiosis dengan ganggang membentuk Lichenes (Lumut kerak).
• Reproduksi:
– Vegetatif : pada jamur uniseluler membentuk tunas-tunas, pada yang multiseluler membentuk spora dari konidia.
– Generatif: Membentuk askus yang menghasilkan askospora.
Contoh spesies:Sacharomyces cerevisae (ragi), Neurospora sitophila (jamur oncom), Aspergillus oryzae untuk membuat sake dan kecap.

5. BASIDIOMYCOTINA
• Ciri khasnya alat repoduksi generatifnya berupa basidium sebagai badan penghasil spora.
• Kebanyalcan anggota spesies berukuran makroskopik.
Contoh spesies:Volvariella volvacea (jamur merang).

6. DEUTEROMYCOTIN
Nama lainnya Fungi Imperfecti (jamur tidak sempurna) dinamakan demikian karena pada jamur ini belum diketahui dengan pasti cara pembiakan secara generatif.
Contoh : Jamur Oncom sebelum diketahui pembiakan generatifnya dinamakan Monilia sitophila tetapi setelah diketahui pembiakan generatifnya yang berupa askus namanya diganti menjadi Neurospora sitophila dimasukkan ke dalam Ascomycotina.

5. PERANAN JAMUR DALAM KEHIDUPAN
 Peranan yang Merugikan :
1. Volvariella volvacea (jamur merang) berguna sebagai bahan pangan berprotein tinggi.
b. Rhizopus dan Mucor berguna dalam industri bahan makanan, yaitu dalam pembuatan tempe dan oncom.
c. Khamir Saccharomyces berguna sebagai fermentor dalam industri keju, roti, dan bir.
d. Penicillium notatum berguna sebagai penghasil antibiotik.
e. Higroporus dan Lycoperdon perlatum berguna sebagai dekomposer.
1. Peranan yang Merugikan :
a. Phytium sebagai hama bibit tanaman yang menyebabkan penyakit
rebah semai.
b. Phythophthora infestan menyebabkan penyakit pada daun tanaman kentang.
c. Saprolegnia sebagai parasit pada tubuh organisme air.
d. Albugo merupakan parasit pada tanaman pertanian.
e. Pneumonia carinii menyebabkan penyakit pneumonia pada paru-paru manusia.
f. Candida sp. penyebab keputihan dan sariawan pada manusia.

D. KHAMIR
Khamir adalah anggota Kingdom Fungi yang sebagian besar atau seluruh siklus hidupnya berada dalam kondisi sel tunggal. Khamir bukan merupakan kelompok taksonomi resmi dan pengelompokannya berdasarkan dari bentukan hidupnya (life form). Anggota Fungi lainnya yang juga dikelompokkan berdasarkan karakter yang sama adalah kapang dan cendawan.

1. CIRI-CIRI KHAMIR
2. Ciri-ciri dari Khamir / Ragi antara lain.
a. Merupakan sel eukariotik dan uniseluler.
b. Reproduksi aseksual dan seksual.
c. Ukuran berdiameter 1-5 m dengan panjang 5-30 m, bentuk ada yang oval, bulat seperti bola.
d. Khamir tidak dilengkapi alat penggerak atau flagel.
e. Khamir dapat membentuk lapisan film di atas permukaan medium cair.
f. Produksi pigmen karotenoid menandakan adanya pertumbuhan genus Rhodotorula.
g. Pada medium agar membentuk koloni yang halus dan mengkilap
h. Koloni khamir yang masih muda biasanya lembab dan sering berlendir dengan warna putih beberapa berwarna merah muda.
i. Khamir banyak berperan dalam industri contohnya dalam pembuatan roti,bir, destilasi alkohol, dan anggur.
j. Khamir ada yang bersifat oksidatif, fermentatif ataupun keduanya. Khamir yang oksidatif dapat tumbuh dengan membentuk lapisan film pada permukaan medium cair sedang yang fermentatif biasanya tumbuh dalam cairan medium.

2. STRUKTUR KHAMIR
Sel khamir merupakan salah satu model dari sel eukariota karena memiliki karakteristik tipe sel tersebut: memiliki kompartemen subselular yang menciptakan organel-organel seperti nukleus, mitokondiria, aparatus Golgi, dan lain-lain. Skema struktur sel khamir secara umum dapat dilihat pada gambar dibawah ini:

1. Membran sel
Khamir memiliki membran sel dengan ketebalan 7,5 nm yang merupakan dua lapisan lipid yang diselingi oleh protein globular dan membentuk suatu fluid mosaic. Komponen lipid tersebut terdiri dari fosfolipid yang berperan dalam fluidisitas membran, dan sterol yang berperan dalam rigiditas membran. Sedangkan komponen protein yang menyelingi lapisan lipid terdiri dari protein yang berperan dalam transport zat, biosinteisis dinding sel, transduksi sinyal, dan pelekatan sitokeleton.

Komponen struktural membran sel sangat bervariasi antar spesies, bahkan strain yang berbeda dalam satu spesies dapat memiliki variasi komposisi lipid membran. Sebagai contoh, strain baker yeast dari Saccharomyces cerevisiae memiliki jumah fosfotadilkolin (komponen fosfolipid) yang jauh lebih rendah dibandingkan strain brewer yeast spesies yang sama. Perbedaan komposisi penyusun membran sel tersebut bukanlah karakter yang statis, melainkan dinamis tergantung dari kondisi pertumbuhan khamir. Sebagai contoh, komposisi lipid, terutama asam lemak tak jenuh, dapat berubah secara dramatis mengikuti perubahan laju pertumbuhan, temperatur, dan ketersediaan oksigen.
Membran sel khamir bersifat permeabel selektif, yaitu mampu memilih zat-zat yang dapat melewatinya, sehingga fungsinya terutama dalam pengaturan keluar masuknya zat dari dan ke dalam sitoplasma. Peran membran yang penting berkaitan dengan proses nutrisi khamir, seperti proses pengambilan karbohidrat, senyawa nitrogen atau ion; serta pengeluaran zat-zat berbahaya dari dalam sel. Peran lainnya antara lain adalah endo- dan eksositosis molekul-molekul kompleks, penghantar sinyal dari luar sel pada proses respon sel terhadap lingkungan, serta sporulasi.
2. Periplasma
Periplasma merupakan sebuah daerah “kosong” setebal 35-45 Å antara membran sel dengan dinding sel. Periplasma berisi protein-protein (mannoprotein) sekresi yang tidak mampu menembus dinding sel, termasuk enzim-enzim yang menghidrolisis substrat yang tidak mampu melewati membran sel, antara lain invertase, fosfatase asam, melibiase, dan trehalase.
3. Dinding sel
Dinding sel khamir merupakan suatu struktur yang tebal (100 – 200 nm) yang mengandung 80 – 90% polisakarida yang sebagian besar adalah glukan dan manan serta sedikit kitin. Glukan akan membentuk jaringan microfibril sedangkan manan umumnya berikatan dengan protein membentuk mannoprotein. Kitin, suatu polimer N-asetilglukosamin, hanya ditemui dalam jumlah yang sangat sedikit (2 – 4%) pada dinding sell. Namun pada khamir yang mampu membentuk hifa, jumlah kitin lebih tinggi. Selain polisakarida, dinding sel khamir juga mengandung protein, lipid, dan fosfat anorganik.

Dinding sel khamir merupakan suatu struktur berlapis: pada lapisan terluar terdapat mannoprotein; lalu jaringan microfibril glukan; kemudian kitin dan mannoprotein pada lapisan terdalam. Mannoprotein berfungsi sebagai penentu porositas dinding sel dan akan “menolak” masuk molekul yang lebih besar dari 600 kDa, glukan berfungsi mempertahankan rigiditas dinding sel, sedangkan kitin berfungsi antara lain sebagai reseptor mikosin serta mempertahankan integritas osmotik sel.

3. REPRODUKSI KHAMIR
Kebanyakan khamir melakukan reproduksi secara aseksual melalui pembentukan tunas secara multilateral ataupun polar. Reproduksi secara seksual menghasilkan askospora melalui konjugasi dua sel atau konjugasi dua askospora yang menghasilkan sel anakan kecil. Jumlah spora dalam askus bervariasi tergantung macam khamirnya.
Faktor Biologi
Pada ekosistem pangan, khamir dapat tumbuh bersama-sama dengan mikroorganisme lain dan dapat tumbuh bersama berinteraksi saling menguntungkan atau merugikan. Khamir juga berasosiasi dengan mikroorganisme, tanaman, binatang dan manusia. Interaksi dapat mutalisme, netralisme, sinergisme atau antagonism.
Pada kondisi di alam, pengaruh faktor-faktor lingkungan tidak dapat dipisahkan satu dengan lainnya, tetapi berpengaruh secara simultan saling mempengaruhi. Interaksi ini berlangsung secara dinamis dan berubah berdasar tempat dan waktu. Interaksi antara suhu, aktivitas air, pH, garam, gula, dan adanya bahan pengawet sering dipelajari dalam upaya menghambat pertumbuhan khamir pada makanan atau digunakan untuk mengoptimalkan pemanfaatan khamir dalam produksi alcohol. Kombinasi dua faktor sering digunakan dalam penelitian-penelitian. Namun demikian, jika beberapa faktor penghambat terlibat di dalamnya maka evalusi dua factor ini menjadi sulit.

4. JENIS-JENIS KHAMIR
Adapun jenis-jenis khamir, diantaranya :
1. Khamir murni adalah khamir yang dapat berkembang biak secara seksual dengan pembentukan aksospora.
2. Khamir liar adalah khamir yang biasanya terdapat pada kulit anggur.
3. Khamir atas adalah khamir murni yang cenderung memproduksi gas sangat cepat sewaktu fermentasi, sehingga khamir itu dibawa ke permukaan.
4. Khamir dasar adalah khamir murni yang cenderung memproduksi gas lebih lamban pada bagian awal fermentasi. Maka sel khamir cenderung menetap pada dasar.
5. Khamir palsu adalah khamir yang didalamnya tidak terdapat dan dikenal cara pembentukan spora seksual.

5. PERANAN KHAMIR DALAM KEHIDUPAN
Pada saat ini dengan gencarnya pemberitaan mengenai bio-etanol menjadikan popularitas khamir (yeast) semakin meningkat. kalau sebelumnya khamir hanya digunakan untuk membuat roti karena masyarakat sudah tidak bebas lagi memproduksi alkohol, kini produksi alkohol mulai giat lagi dan digunakan untuk energi.Kendala yang dihadapi masyarakat sering berkaitan dengan darimana memperoleh khamirnya. ada beberapa sumber yang dapat dipakai:

a. Gunakan biakan murni, ini yang paling baik, dapat diperoleh di berbagai instansi penelitian atau perguruan tinggi.
b. Gunakan fermipan yang biasa diapakai untk buat roti
c. Gunakan ragi tape, lakukan fermentasi secara anaerob sehingga bakteri tidak tumbuh

Isolasi dari alam misal dari bunga (bisanya pada bunga terdapat khamir akibat adanya madu disana) caranya hancurkan bunga campur dengan ditambah larutan gula dan tutup dalam rapat dalam botol, perhatikan adanya gelembung udara yang muncul. jika telah muncul ambil sebagian (10%) untuk inokulum pada larutan gula yang baru. lihat hasilnya, usahakan munculnya gelembung makin cepat. lakukan berulang hingga diperoleh bibit yang siap dipakai (perhatikan aroma yang muncul apakah berbau alkohol atau tidak). Selain khamir adapula bakteri (Zimomonas mobilis)dapat diperoleh dari wadah legen atau cairan deresan kelapa/enau/lontar.

DAFTAR PUSTAKA

Dwidjoseputro. 1998. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Jakarta : Djambatan
Pratiwi, dkk. 2004. Buku Penuntun Biologi SMA untuk Kelas X. Jakarta : Erlangga
Prawirohartono, Slamet. dkk. 1990. Buku Pelajaran SMA Biologi. Jakarta : Erlangga
Syamsuri, Istamar. dkk. 2004. Biologi untuk SMA Kelas X. Jakarta : Erlangga
Tarigan, Jeneng. 1988. Pengantar Biologi.Jakarta : DEPDIKBUD
Volk dan Wheeler. 1989. Mikrobiologi Dasar. Jakarta : Erlangga
http://id.wikipedia.org/wiki/Bakteri

http://gurungeblog.wordpress.com/2008/11/17/bakteri-ciri-ciri-struktur-perkembangbiakan-bentuk-dan-manfaatnya/
http://organisasi.org/struktur-tubuh-alat-gerak-teknik-perkembangbiakan-bakteri-ilmu-biologi
http://id.wikipedia.org/wiki/Virus
http://jagaraga.blogspot.com/2009/05/virus-dalam-arti-biologi.html
http://free.vlsm.org/v12/sponsor/Sponsor-Pendamping/Praweda/Biologi/0025%20Bio%201-5b.htm

http://id.wikipedia.org/wiki/Fungi
http://tugassekolahonline.blogspot.com/2008/10/jamur.html

http://ptp2007.wordpress.com/2009/01/29/khamir-2/
http://permimalang.wordpress.com/2008/06/09/khamir/

http://nurhidayat.edublogs.org/tag/khamir/
http://milmi.blog.ugm.ac.id/2009/11/18/morfologi-membran-dan-dinding-sel-khamir/

selamat belajar….

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s